Όλα σχεδόν τα είδη της αυτοφυούς χλωρίδας και της άγριας πανίδας προστατεύονται, είτε γενικότερα, είτε ειδικότερα και συγκεκριμένα:

• 1. Με το Π.Δ. 67/81 κηρύχθηκαν προστατευτέα και απαγορεύτηκε σε όλη την Επικράτεια και για όλο το χρόνο,
  • η συλλογή, μεταφύτευση, εκρίζωση, κοπή, μεταφορά, πώληση, αγορά, εξαγωγή, ως και η με κάθε τρόπο καταστροφή 775 ειδών αυτοφυούς χλωρίδας, και
  • ο φόνος, απόπειρα φόνου, κακοποίηση, τραυματισμός, κατοχή, σύλληψη, ταρίχευση, αγορά, πώληση, μεταφορά καθώς και εξαγωγή 225 ειδών άγριας πανίδας (εκτός από πτηνά). Για τα είδη θηραμάτων, θηλαστικών και πτηνών, εφαρμόζονται οι σχετικές διατάξεις περί θήρας.
• 2. Με το Ν.1335/83, που επικύρωσε τη Διεθνή Σύμβαση της Βέρνης (19-9-79) για τη διατήρηση της άγριας ζωής και του φυσικού περιβάλλοντος της Ευρώπης, τελούν υπό αυστηρή προστασία 120 είδη χλωρίδας και 300 είδη πανίδας (Θηλαστικά - πτηνά - ερπετά - αμφίβια), και υπό απλή προστασία όλα τα υπόλοιπα είδη πανίδας.
• 3. Για εναρμόνιση με την Οδηγία 79Ι409 Ε0Κ και της τροποποίησής της 81Ι854ΙΕ0Κ, εκδόθηκε η με αριθ. 414985Ι29-11-85 Υπουργική Απόφαση με την οποία προστατεύονται_ θεωρούμενα ως μη θηρεύσιμα 75 είδη πτηνοπανίδας. Με την ίδια απόφαση ρυθμίζονται οι διατάξεις περί θήρας και ορίζονται τα Θηρεύσιμα πτερωτά θηράματα (39 είδη πτηνών).
  
  Επίσης με Υπουργική Απόφαση που εκδίδεται κάθε χρόνο ορίζονται και τα επιβλαβή, θηράματα, που θεωρούνται αυτά που προξενούν ζημιές στη Γεωγία και κτηνοτροφία. Συνήθως επιτρέπεται το κυνήγι των παρακάτω ειδών (σε ορισμένα είδη με προϋποθέσεις):
  • Θηλαστικά: λαγός, αγριοκούνελο, τσακάλι, λύκος, αλεπού, κουνάβι και αγριογούρουνο.
  • Πτηνά: πέρδικες, φασιανοί, ορτύκια, τρυγόνια, κοτσύφια, αγριοπερίστερα, φάσσες, σταρήθρες (κορυδαλλοί, πάπιες, χήνες, μπεκάτσες, μπεκατσίνια, τσίχλες, καρακάξες, κάργιες, κίσσες, ψαρόνια, κοράκια, μελισσοφάγοι, συκοφάγοι, σπουργίτια, κ.ά.
• 4. Σύμφωνα με το Ν.1650/86 (άρθρο 20), τα είδη της αυτοφυούς χλωρίδας και της άγριας πανίδας προστατεύονται και διατηρούνται μαζί με τη βιοκοινότητα και το βιότοπο ή οικότοπο τους, ως βιογενετικά αποθέματα και ως συστατικά στοιχεία των οικοσυστημάτων. Ιδιαίτερα προστατεύονται και διατηρούνται είδη που είναι σπάνια ή απειλούνται με εξαφάνιση, είδη των οποίων ο πληθυσμός, χωρίς να διατρέχει άμεσο κίνδυνο εξαφάνισης, εμφανίζει τάση μείωσης λόγω υποβάθμισης των βιοτόπων του είδους, ή υπέρ εκμετάλλευσής του, καθώς και είδη που έχουν ιδιαίτερη οικολογική, επιστημονική, γενετική παραδοσιακή ή οικονομική αξία.